Una de las principales problemáticas de la terminal es la disposición actual de partidas y arribos, las cuales ubicadas en un mismo nivel, generan falta de control y de seguridad para los pasajeros. Por dicho motivo el proyecto propone contar con flujos de ómnibus y pasajeros de manera independiente, a fin de optimizar la operatividad de la terminal. Las dársenas de arribos se resuelven en el nivel +1.00, dejando la totalidad de dársenas existentes en el nivel +4.74 para partidas. Los pasajeros que arriban son conducidos a través de dos circulaciones con puertas esclusas al nivel +4.74, concentrando así todo el flujo de pasajeros en un mismo nivel.